«Миссия Дарвина» — это суперкоманда трех морских свинок и крота, которые выполняют задание правительства США — узнать планы Леонарда Сейбера (Билл Найи), главы фирмы бытовой техники «Сейберлинк». Для выполнения специальных заданий зверьков подготовил один учёный по имени Бен (Зак Галифианакис), и теперь они могут проникать в места, недоступные для людей, вооружившись самыми современными технологиями.
Первыми в задание вступают Дарвин (Сэм Рокуэлл) — командир отряда, спец по коммуникациям, муха-разведчик Мух и Спеклз (Николас Кейдж) — компьютерный гений и «разум» команды. Дарвин скачивает данные о «Кластерной буре» — плану по использованию бытовой техники в военных целях и уничтожении человечества, после чего вызывает Хуарес (Пенелопа Крус) — единственную девушку в команде, спеца по боевым искусствам и Бластера (Трейси Морган) — «мускулы» команды, чтобы они помогли ему выбраться, в то время как Спеклз с помощью Муха следит за Сейбером. Дарвин выбирается из особняка и приказывает всем собраться, но на Спеклза нападает собака. Хуарес и Дарвин помогают ему спастись, в это время Бластер отвлекает пса. Команда бежит из точки, но приезжает фирма уничтожения грызунов и усыпляет их.
Они просыпаются в машине и узнают что «сотрудник» фирмы — это Бен. Там же Бластер придумывает название группы — «Миссия Дарвина» (G-force). После чего группа прибывает на базу и начинает заниматься своими делами. Там же оказывается, что Хуарес нравится Бластеру, но говорит, что проявляет интерес к Дарвину, который не интересуется ей. Вдруг прибывает ФБР на проверку проекта по использованию животных на службу стране.